O trabalho Presbiteriano em Cotia teve seu início com a chegada de alguns irmãos oriundos do Nordeste do Brasil. Pessoas como o irmão José Bezerra da Silva , que sonhando com o trabalho presbiteriano nesta cidade, visitou a Congregação Emaús, da IP Pinheiros, no segundo semestre de 1961, onde compartilhou seus sonhos aos irmãos daquela comunidade.

Graças à Providência Divina, como resultado daquele encontro, os irmãos moradores de Cotia, incentivados pelo Rev. Wilson Nóbrega Lício e apoiados pela Igreja Presbiteriana de Pinheiros, no mesmo ano (1961), deu início à Escola Bíblica Dominical, na própria residência do irmão José Bezerra.

A obra floresceu e cresceu. Assim, em 18 de março de 1962, transformou-se em Congregação da IP Pinheiros. Reconhecendo a necessidade de uma sede própria, contando com a visão, colaboração e empenho dos membros da Congregação e ajuda da igreja mãe, adquiriu-se um terreno, no qual planejou-se início imediato da construção do primeiro templo local, o qual foi inaugurado em 18 de julho de 1965.